北葶苈子种子近椭圆形而扁，长约1.2mm，宽约0.8mm。表面黄棕色，具多数细微颗粒状突起，并可见二条纵列的浅槽（由背依子叶与胚根间的间隙所形成），一端钝圆，另端渐尖而微凹，种脐位于凹下处，但不明显。气微，味微苦辛，遇水有粘滑性。　

南葶苈子种子长圆形而扁，长0.8～1.2mm，宽约0.5mm。表面黄棕色，略有光泽，具细密网纹及两条纵裂的浅槽（由背依子叶与胚根间的间隙所形成）。一端钝圆，另端近截形或稍凹入，两面常不等称，种脐位于凹入处。气微，味微辛。